和月伸宏の人気コミックを佐藤健主演で映画化したアクション大作の後編。日本征服を企む志々雄を倒すため、剣心は師匠の比古清十郎に奥義の伝授を懇願する。一方、剣心が生きていることを知った志々雄は政府に圧力を掛け、剣心の公開処刑を命じる。